到了七月初，虽然辽东城无数次岌岌可危，但隋军到底还是没有打下此城。姜以式带领城中局面全民皆兵，一次次打退了隋朝的攻击。隋军虽然数量充足，但没有一个合格的指挥中枢居中协调，因此各自为战，攻击混乱，根本无法发挥军队的战斗力，到最后反而事倍功半。
此时杨广也颇有无奈，始终攻不下辽东城，预定的进军计划便无法展开，眼看日子一天天过去，征讨高句丽总不能虎头蛇尾吧。
这时有人献计，辽东城乃一孤城，可令大军越过辽东城，自捣平壤，击溃高句丽人的主力，这辽东城便不下自下。
杨广也感觉丢了面子，闻此大喜，乃从之。
杨广下令，内史令宇文述加扶余道行军大总管，领军四万五千人，出扶余道；
右翊卫大将军于仲文加乐浪道行军大总管，领军四万五千人，出乐浪道；
右御卫大将军崔弘升加遂城道行军总管，领军三万五千人，出遂城道；
左骁卫大将军独孤览加辽东道行军总管，领军三万人，出辽东道；
检校左侯卫将军平州总管黄明祯加沃沮道行军总管，领军三万人，出沃沮道；
左屯卫将军辛世雄加玄菟道行军总管，领军三万人，出玄菟道；
左御卫将军张瑾加襄平道行军总管，领军三万人，出襄平道；
右武候将军赵孝才加碣石道行军总管，领军三万人，出碣石道；
左武卫将军达奚暠加增地道行军总管，领军三万人，出增地道，
全军三十万五千人，最后在鸭渌水西岸汇集。
三十多万大军，浩浩荡荡东来，可谓是投鞭断流。沿途的高句丽人没有敢阻挡的，隋军便一路进至乌骨城（今辽宁凤城边门镇）。
乌骨城乃是鸭渌水的门户，守将乃是乙支文德的儿子乙支藏。
高句丽人的城池多建在山川险峻之处。乌骨城利用左右两山的悬崖为壁，山势低凹处以楔形石块垒筑城墙。南西各口用土石横筑一高大城壁.城有外城和内城，外城城沿山脊逐段而修，呈卵形，其中一部分则以悬崖峭壁为墙。
这乌骨城守军仗险据守，隋军远道而来，数次攻击，不能破城。
非是隋军不用命，实在是因为乌骨城依托悬崖地势，导致正面空间极其狭窄，隋军的攻城部队根本不能展开有利的队形。
这时黄明祯向主帅于仲文请求绕过悬崖，从背后突袭乌骨城。宇文述虽然身份为宰相，又是天子心腹，地位最高，但杨广为了限制其权利，便以于仲文长于谋略为由，派其为诸军咨禀节度，成为大军事实上的主帅。
于仲文虽然与黄明远有仇，但也知晓此时不宜节外生枝。黄明祯的建议的确有利于破局，于仲文从之。
九大总管之中，于仲文和宇文述二人地位最高，荆元恒和独孤览位列一卫大将军，与之差不多。其余五人之中，张瑾出身关陇世家，资格最老；赵孝才是天子心腹；唯有黄明祯、辛世雄、达奚暠三人地位、资历皆不足。600
黄明祯自忖，怕是接下来的战斗中，于仲文、宇文述二人会故意坑害其部，因此此次主动求战，是为了在之后的战斗中可以名正言顺地推脱一些不合理的任务。
黄明祯领命之后，便率部悄悄北上，潜入乌骨城北侧的山中。
黄明祯所部三万人，除了本部平州军一万五千人，还有幽州军一万五千人。黄明祯从中挑出三千善于攀爬的士兵，命幽州虎牙郎将吕会彦为主将，趁夜奇袭乌骨山。
山高石险，道路不辨，不知道有多少人死在了悬崖峭壁之中。
等到吕会彦带人奋力登上悬崖，乃放下绳子，将大批隋军缒上。乙支藏果然自恃悬崖峭壁天险，对其没有防备。
黄明祯乃率部从其后突然杀向城中。乌骨城利用悬崖为壁，使得城池极为陡峻，但也使得城池位于悬崖低凹之处，半个城池尽在悬崖之下。
隋军不断地向城中投石，砸死砸伤无数。
乙支藏虽然是乙支文德的儿子，但能力较之其父乙支文德差得太远。隋军骤然突袭，而乙支藏根本来不及反应。
此时城内一片混乱，城外的隋军主力听到动静也纷纷开始攻城。
乌骨城内外杀声不断，乙支藏在乱军拥簇下，不得不选择弃城突围。没了乌龟壳的高句丽军队，根本不是隋军的对手，因此大败亏输，溃乱四散。
乙支藏率领数千军队突围而出，向东面投其父乙支文德去，而天险乌骨城遂陷入隋军手中。
隋军攻破乌骨城，总算是拥有了一个向东与乙支文德对抗的据点。于仲文乃下令众军将粮草，辎重纷纷屯于乌骨城之内。
因为诸军各不统属，指挥不便，于仲文乃和宇文述商议重新整编各军。于仲文以自己的乐浪军和赵孝才的碣石军为中军；宇文述的扶余军为左军；崔弘升的遂城军和达奚暠的增地军为右军；独孤览的辽东军和辛世雄的玄菟军为前军；张瑾的襄平军和黄明祯的沃沮军为后军。
三军齐整，战意盎然。
此时从北面国内城赶来的高句丽援军也离着乌骨城不远。只是隋军声势浩大，国内城的高句丽援军根本不敢主动出击。
隋军开始离开乌骨城，向鸭渌水进击，而高句丽人的国内城援军便缒在隋军身后，如鬣狗一样准备时刻从隋军身上咬下来一块肉。
众人纷纷担心，一旦主力离开乌骨城，作为后勤中心的乌骨城会遭到这股高句丽的袭击。
可是众人回头去追击这群人，这群人又纷纷避战。
这时于仲文下令，挑选瘦弱的马、驴几千头，放在军后，众人不解。等到隋军主力继续向东的时候，跟在隋军身后的高句丽人便突然出击。而此时于仲文便下令后军立刻回击，果然与高句丽人相遇。
双方鏖战一场，高句丽人不敌，被隋军大败。
原来于仲文故意挑选瘦弱的马、驴示敌以弱，让对方以为隋军的后军尽是老弱残兵，引诱地方出击。高句丽人果然中计，被隋军击败。
隋军解除了后顾之忧，乃一路向东，抵达鸭渌水西岸。