1999年2月中旬，林同书为了对抗盖亚原生体，开始瞄准另一半邪恶，想要将它得到手，以避免盖亚原生体对它的觊觎。冲绳因他的到来而陷入战火，同一时间，从无数资料中嗅到不安气氛的罗生门首领御宫星野，也出手收拾数十年前的旧恩怨，攻击f.t日本分部与六道黄泉。
四方混战，几乎将整个冲绳摧毁，盖亚原生体隐藏其中，吞噬进化者恢复力量，御宫星野一举擒获f.t日本分部的贺氏里长老，并得到另一半的邪恶原力。
2月18日，追寻原力而来的林同书，落入御宫星野的包围圈，受重伤，杀死罗生门长老逃离。
2月20日，日本政府响应罗生门的行动，加大对普天间的责难，反映到黑暗世界，便是天国禁区无法再向日本调遣力量。
2月21日，f.t北美分部支援力量在进入那霸时，遭遇罗生门与六道黄泉的合力清洗，这一行动标志着，出云大社分裂的力量开始复合。
3月1日，f.t日本分部彻底毁灭，贺氏里家族灭族，御宫星野于同日向黑暗世界宣布，罗生门与六道黄泉合流，重组出云。
3月7日，修养多日的林同书突袭重组中的出云总部，一场战斗后，无功而返。
3月9日，一条流言在整个黑暗世界流传，言御宫星野掌握着一种强大的力量，可以制造五阶高手。zusu.org 茄子小说网
3月10日，f.t北美、欧洲分部联合，进攻出云，混乱中，林同书力压3位五阶高手，抢走北美负责人随身携带的邪恶原力，但本人也被御宫星野重创。
3月15日，从日本经逃亡数天的林同书，遭遇已恢复部分实力的盖亚原生体偷袭，因伤势未愈而落入下风，最终丢失邪恶原力
3月17日，重伤的林同书赶回申城，为避免盖亚原生体借助邪恶原力冲击恶行之源，主动进入凤凰的精神世界，冒险为她清除邪恶的感染。
3月22日，凤凰苏醒，林同书开始着手构建善恶系统，同一时间，盖亚原生体利用邪恶原力冲入恶行之源，林同书与凤凰、宁童舒前去阻止时，宁童舒临阵背叛，帮助盖亚原生体以某种难以言明的方式寄生系统。
愤怒的林同书开启审判模式，将宁童舒击杀，纳入统治的邪恶原力消散，等待在另一个地方再次复苏。
4月5日，修养好的林同书，在凤凰的牵线下，与特事局、醒狮联手，发起毁灭昆仑的行动。
5月10日，昆仑最后一处集合点被轰炸成废墟，一个贯穿共和国多年的老牌组织，彻底化作历史的尘埃。
5月11日，特事局、醒狮受林同书邀请，高层汇聚申城，听取他解释他的最终目的。次日，两大组织联合，在势力可及范围内，帮助林同书寻找邪恶原力的代理人。
7月24日，远处的日本岛，出云在支撑了f.t各洲分部联合力量数月的围攻后，终于无法承受，向黑暗世界发出求救信息。
8月，天国禁区、阿瓦隆等各大国官方组织参战，f.t首次暴露灵能科技——一种由精神作为能量构成和基本物质的新型科技，可以人工制造出异能物品，并可控批量制造“类异能者”，这种进化者的力量弱小，而且精神状态很不稳定，寿命极短，但他们的能力极为诡异，甚至肉体也发生异变。
9月，f.t组织依靠灵能科技占据上风，全球范围的黑暗世界大战当中，一直忙着寻找代理人的大陆也无法平静，战火蔓延而来。
9月15日，第一波f.t先头部队进攻蓝岛，蓝岛海军基地驻扎的醒狮分部毁灭，特事局也在传出消息后的当夜被摧毁。
9月16日，特事局、醒狮参战，因为高端力量的缺少，正在世界各地寻找代理人的林同书，不得不返回国内，与凤凰、白守云共同主持大局，抵抗f.t的入侵。
10月22日，旷日持久的地下战争，已经消耗尽了各个国家遮掩的能力，普通人对于越来越频繁的爆炸、死人、废墟加深疑惑，当日，美利坚当局迫于压力，公布了一段进化者战斗的视频，引发世界范围内的轩然大*，同日，各个民主国家相继曝光视频，进化者的身份正式浮出水面。
10月30日，经过多天谈判，普通人宣布加入进化者战争，同一天，林同书开放除恶行之源之外的各个副本，使进化者可以获得系统货币，并开放异能物品的兑换。这两条消息，成为战争的转折点，f.t优势尽去。
11月16日，f.t面对多方围攻，终于独木难支，开始退缩。
时间走到12月末，波及甚广的进化者战争，虽然因为f.t的退却，慢慢有平息的趋势，但依旧偶尔会在世界上某个角落爆发一瞬，旋即又被各国的进化者组织扑灭。面对这个曾经触角遍及全球的庞大组织，黑暗世界前所未有的联合，普通人也在短暂的骚乱之后，因为政府的宣传而逐渐接受了进化者的存在。
战争优势局面的到来，也代表着林同书要继续踏上寻找原力代理人的路程，但在那之前，他还需要先去恶行之源里看看。
“你确定要进去？”
新年之夜，看着面前那栋被黑暗笼罩的高楼，洛紫嫣担心地望着林同书，她不想他去冒险。
“我必须要进去看看，看看盖亚究竟在搞什么鬼。”一年过去，或许是战争的磨砺，显得成熟许多的林同书，微微笑着，揉揉紫嫣的头发，“等我，我很快出来！”
“你们也是，等我一会儿，出来后我们就启程！”
在场的凤凰、白守云、周进等人，点点头，看着少年衣袂飞扬都走入那栋黑暗的大楼。
恶行之源，自从盖亚寄生其中之后，林同书就再也没有来过，挥别众人，他慢慢靠近那片深沉的黑暗，来到大门范围的时候，他深吸口气。
要说没有害怕的情绪，当然不可能，那个盖亚无论怎么看都很诡异，背景也大得吓人——地球——他虽然力量强大，但也只是一介凡人而已，面对一个星球的意志，心虚是必然的。
但这是他的责任。
深吸口气，林同书踏入黑暗的边缘，那一刹那，一个声音在耳边响起：
“你来了……我等你太久太久……”
……
“为什么没有动静？”
洛紫嫣担心地看着大厦，问身边的凤凰，凤凰笑着揽住她的肩膀，安慰道：“相信他！”
恍惚地点点头，众人默默等待着，时间飞快流逝，某一刻，远处的城市中央，钟声敲响了，众人向那边看去，黑夜之中，只能看到城市由光明构成的轮廓。
“新年了啊！”
有人叹息一句。
是啊，新年了，过了这一秒，就踏入新的世纪，只是，不知道是历法上的新世纪，还是一个真正全新的时代呢？
遥远的黄涂县城，一切事情的起源之处，新年钟声敲响的时候，一个女孩抱着布娃娃，呆呆地看着道路旁，一蓬黑色烟雾组成的圆球，漂浮在半空旋转。
路上人来人往，但只有她能看见它……
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